Ban Chủ nhiệm Khoa lúc bấy giờ gồm: Thầy Phạm Như Cương (chủ nhiệm) và Phó Chủ nhiệm là các thầy: Nguyễn Quang Thông, Nguyễn Chí Hiếu, Bùi Thanh Quất cùng với Đảng ủy Khoa lãnh đạo thầy - trò toàn Khoa vượt qua mọi khó khăn và đạt được nhiều thành tích quan trọng.
Tuy số lượng sinh viên thời kỳ này ít hơn so với trước, nhưng hoạt động nghiên cứu khoa học bắt đầu trở thành phong trào có ý nghĩa thiết thực, thu hút nhiều sinh viên tham gia.
Cũng trong thời kỳ này, từ nhận thức về tầm quan trọng của vấn đề phương pháp nghiên cứu và phương pháp giảng dạy trong quá trình đào tạo, Khoa đã tổ chức cho sinh viên năm cuối đi thực tập giảng dạy tại một số trường đại học, cao đẳng ở Hà Nội.
Năm 1987, Khoa được giao thêm nhiệm vụ mới: đào tạo nghiên cứu sinh các chuyên ngành Triết học. Khóa đào tạo NCS đầu tiên tại Khoa có các thầy giáo: Trịnh Trí Thức, Lê Văn Lực, Nguyễn Ngọc Thành (là cán bộ Khoa) và Chaiheng, Khlot Thida (là công dân vương quốc Campuchia).
Năm 1986, Khoa đã đào tạo lớp giảng viên chủ nghĩa xã hội khoa học gồm 90 học viên để tăng cường đội ngũ cán bộ giảng dạy môn học này cho các trường đại học, cao đẳng trong cả nước. Đồng thời, Khoa cũng mở lớp đào tạo đại học ngắn hạn ngành xã hội học (trong lớp này có các cán bộ của Khoa là thầy Hoàng Bá Thịnh và Cô Mai Kim Thanh).
Năm 1987, theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Lao động - Thương binh và Xã Hội, Khoa Triết học đã chủ trì đào tạo lớp cao đẳng xã hội học cho 130 cán bộ ngành bảo trợ xã hội của Bộ Lao Động - Thương binh và Xã hội.
Trong năm 1986 - 1987, Khoa có thêm các cán bộ mới là: Nguyễn Thị Thúy Vân (sinh viên khóa 26 của Khoa), cùng với các thầy giáo, cô giáo: Tống Văn Chung, Nguyễn Quang Hưng, Dương Thị Tuyết tốt nghiệp đại học ở Liên Xô về.
Đến năm 1988, Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội điều chỉnh lại cơ cấu tổ chức. Bộ môn Mác - Lênin (đơn vị có trách nhiệm giảng dạy các môn khoa học Mác - Lênin và môn Lịch sử Đảng cho sinh viên các khoa trong Trường) sáp nhập vào các khoa: Triết học, Kinh tế, Lịch sử. Từ đây, Khoa từ chỗ chỉ tập trung cho công tác đào tạo đại học và sau đại học ngành triết học lại được giao thêm nhiệm vụ nữa, nặng nề hơn là giảng dạy các môn khoa học triết học cho sinh viên các ngành học khác của Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội, vốn là nhiệm vụ trước đó do Bộ môn Mác - Lênin đảm nhiệm. Có thể nói rằng kể từ năm 1988, Khoa đã góp phần không nhỏ vào quá trình đào tạo cho các khoa của Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội trước kia, Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân Văn, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên và các đơn vị trực thuộc khác của Đại học Quốc gia Hà Nội hiện nay.
Trong giai đoạn từ năm 1988 đến năm 1995, Khoa Triết học có sự thay đổi:
Trong năm 1988, từ trung tâm Bồi dưỡng Lý luận Mác - Lênin, bộ môn Mác - Lênin, bộ môn Giáo dục học (là những đơn vị trực thuộc Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội), về công tác tại Khoa có các thầy cô giáo: Nguyễn Hữu Vui, Nguyễn An Lịch, Trần Bạch Tuyết, Lê Thị Việt, Nguyễn Văn Sức, Nguyễn Hàm Giá, Phạm Bính, Hoàng Thị Như Thanh, Nguyễn Ngọc Thành, Kiều Xuân Dũng, Phạm Ngọc Thanh, Nguyễn Văn Thiện, Trịnh Trí Thức, Trần Trọng Cao, Nguyễn Văn Thế, Đoàn Ngọc Ấn, Dư Đình Phúc, Hoàng Thiên Hương, Hà Văn Thức, Lê Ngọc Hùng, Lê Phú, Lê Băng Tâm, Nguyễn Khánh Hưng, Nguyễn Thị Hà, Hoàng Thị Tâm và các thầy, cô giáo: Hoàng Đình Thắng (sinh viên khóa 1 của khoa), Đặng Thị Lan (sinh viên khóa 3 của Khoa) và Đinh Hữu Phí, Hoàng Văn Luân, Ngô Thị Phượng (sinh viên khóa 25), Lê Văn Lực (khóa 26). Cũng từ năm 1988, thầy giáo Lê Văn Quán về giảng dạy ở khoa. Những bổ sung nhân sự đó đã tăng cường rất đáng kể đội ngũ cán bộ của Khoa.
- Năm 1988 có các bộ môn: Chủ nghĩa Duy vật biện chứng, Chủ nghĩa Duy vật lịch sử, Lịch sử triết học, Tâm lý học - Giáo dục - Phương pháp, Lịch sử triết học phương Đông và Tư tưởng Việt Nam, Lôgíc học, Tổ văn phòng - tư liệu
- Năm học 1990 - 1991 có thêm các bộ môn: Lịch sử triết học phương Tây và Chủ nghĩa vô thần khoa học, Chủ nghĩa xã hội khoa học, Xã hội học - Đạo đức học, Lịch sử triết học phương Đông và Tư tưởng Việt Nam.
- Năm 1993, Khoa mời PGS. TSKH. Đỗ Văn Khang (cán bộ giảng dạy Khoa văn học) về kiêm nhiệm giữ chức vụ Chủ nhiệm Bộ môn Mỹ học - Đạo đức học. Cuối năm đó, cô giáo Đỗ Thị Minh Thảo bắt đầu công tác tại Bộ môn này.
- Năm 1994, các Bộ môn Xã hội học, Tâm lý - Giáo dục học - Phương pháp tách ra khỏi Khoa, đến năm 1998 hoàn thành quá trình thành lập Khoa Xã hội học, Khoa Tâm lý học.
- Đến năm 1995 đã ổn định các bộ môn gồm: Triết học Mác - Lênin, Chủ nghĩa xã hội khoa học, Lịch sử triết học phương Tây và Lý luận tôn giáo, Lịch sử triết học phương Đông và Tư tưởng Việt Nam, Mỹ học - Đạo đức học, Lôgíc học và Tổ Văn phòng - Tư liệu.
Năm 1995, Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn được thành lập, trở thành trường thành viên của Đại học Quốc gia Hà Nội và Khoa Triết học cũng thành lập một bộ môn mới: Bộ môn Quản lý xã hội do TS. Nguyễn Hàm Giá làm chủ nhiệm và các thầy Trần Ngọc Liêu, Hoàng Văn Luân là những cán bộ giảng dạy đầu tiên của bộ môn.
Ngoài ra, trong giai đoạn 1988 - 1995, ở Khoa còn có các sự kiện đáng ghi nhớ sau:
- Năm 1988, các nhà giáo được phong học hàm Phó Giáo sư đầu tiên là: Nguyễn Quang Thông, Bùi Thanh Quất, Nguyễn Hữu Vui. Và phải gần 20 năm sau, mãi đến năm 2007, Khoa mới có tiếp 5 phó giáo sư nữa, hiện các thầy cô lớp này vẫn đang công tác.
Năm 1995, các nhà giáo đầu tiên của Khoa bảo vệ thành công luận án Phó tiến sĩ là: Trịnh Trí Thức, Lê Văn Lực.
- Thực hiện chủ trương của Bộ Giáo dục và Đào tạo về dân chủ hóa trong nhà trường, năm 1988, Khoa tiến hành bầu Chủ nhiệm Khoa lần thứ nhất.
Nhiệm kỳ 1988 - 1992, Ban chủ nhiệm Khoa gồm các nhà giáo:
+ PGS. Nguyễn Quang Thông - Chủ nhiệm
+ Nhà giáo Nguyễn Chí Hiếu - Phó chủ nhiệm
+ PGS. PTS. Nguyễn Hữu Vui - Phó Chủ nhiệm
+ PGS. PTS. Nguyễn An Lịch - Phó Chủ nhiệm
Trong nhiệm kỳ này thầy Nguyễn An Lịch đã làm quyền Chủ nhiệm khoa một năm.
Đến năm 1992, Khoa Triết học bầu chủ nhiệm Khoa lần thứ hai nhiệm kỳ 1992 - 1996, gồm các nhà giáo:
+ PGS. PTS Nguyễn Hữu Vui - Chủ nhiệm
+ PTS. Nguyễn Hàm Giá - phó chủ nhiệm
+ PTS. Trịnh Trí Thức - Phó Chủ nhiệm
- Đầu những năm 90, Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội có sự đầu tư lớn cho các ngành khoa học xã hội để tăng cường cơ sở vật chất, biên soạn giáo trình. Được sự quan tâm của Nhà trường, đội ngũ cán bộ của Khoa đã tích cực triển khai các hoạt động như:
+ Tổ chức Hội thảo khoa học về giảng dạy triết học trong thời kỳ đổi mới vào năm 1991 nhân kỷ niệm 15 năm ngày thành lập Khoa.
+ Triển khai dự án "Xây dựng chương trình đào tạo cử nhân triết học tại Khoa Triết học" do PTS. Phạm Ngọc Thanh chủ trì.
+ Và đặc biệt là một loạt đề cương bài giảng được biên soạn và xuất bản trong khuôn khổ tủ sách Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội như: Chủ nghĩa duy vật biện chứng, Chủ nghĩa duy vật lịch sử, Chủ nghĩa cộng sản khoa học, Đạo đức học, Tâm lý học, Xã hội học, Giáo dục học, Chủ nghĩa vô thần khoa học, Lịch sử triết học Hy-La, Lôgíc học hình thức. Ngoài ra, các thầy Nguyễn Hữu Vui, Bùi Thanh Quất, Nguyễn Quang Hưng còn tham gia biên soạn bộ Lịch sử triết học (gồm ba tập do Nhà xuất bản Tư tưởng - Văn hóa xuất bản năm 1991).
Sinh viên các khóa 35, 36 là thế hệ sinh viên đầu tiên được tiếp nhận những tri thức quý báu từ những giáo trình, tài liệu, kết tinh trí tuệ, công sức của các thầy, các cô biên soạn.
- Năm 1994, Khoa bắt đầu đào tạo cao học ngành Triết học. Các học viên khóa 1 gồm các cô giáo Hoàng Thị Như Thanh, Lê Thị Việt, Lưu Thị Thịnh, Ngô Thị Phượng và sau đó là chuyển tiếp sinh Đinh Việt Hải.
Thời kỳ 1988 - 1995, do chịu nhiều tác động từ hoàn cảnh khách quan (khủng hoảng kinh tế - xã hội, sự sụp đổ của các nước Xã hội chủ nghĩa ở Đông Âu và sự tan rã của Liên Xô ) nên Khoa gặp không ít khó khăn, nhưng thầy và trò của Khoa vẫn nỗ lực vươn lên, đạt nhiều thành tựu quan trọng, tạo đà cho sự phát triển của Khoa trong môi trường mới: Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội.